Sedan 2008 ska inga sekretessbelagda uppgifter lagras i huvuddiariet. Därför har vissa ingivare och mottagare av ärendens i en del fall ersatts med "anges ej". Dessa ärenden har också försetts med en sekretessmarkering, som KU likställer med en hemligställning.
 
KU konstaterar att uppgifter som omfattas av sekretess ändå lagrats i huvuddiariet. Innan uppgifter kan lämnas ut måste därför en granskning ske. När KU ställde frågan visade det sig att ansvaret för diariet flyttades från UD till regeringens förvaltningsavdelning 2006. Den dåvarande förvaltningschefen fattade beslut om ett nytt elektroniskt diarium. Nya rutiner infördes 2008. För handlingar lagrade efter 2008 kan allmänheten inte själva söka ärenden i huvuddiariet, vilket är möjligt på andra departement. Endast sökningar via utskrifter kan ske.
 
KU konstaterar att UDs huvuddiarium "inte motsvarar kraven i offentlighets- och sekretesslagen". KU "utgår" att "arbetet med att möjliggöra att uppgifter i UDs diarium enklare och lättare ska kunna göras tillgängliga för allmänheten påskyndas".