En del av utredningens uppdrag är att anpassa det svenska regelverket efter EUs ramdirektiv. Svensk Energi, som organiserar energijättar som Eon och Vattenfall, anser att utredningen övertolkar EUs direktiv och att det leder till att varje länsstyrelse kan kräva nya ansökningar om att driva sina anläggningar.
Svensk Energi anser att det vid en ny prövning finns en "uppenbar risk att anläggningar som är belägna i områden som åtnjuter ett särskilt skydd enligt 4 kap. 6 § miljöbalken på den grunden inte kommer att få nya tillstånd. Enligt vår bedömning finns det ca 200 anläggningar som på grund av sin lokalisering i dessa särskilda områden riskerar att få tillstånden upphävda."
 
Konsekvenserna av detta är inte tillräckligt utredda, anser Svenske Energi som även påpekar att tidsbegränsade tillstånd kommer även att "begränsar investeringsviljan".
 
Mellan raderna går att läsa att Svensk Energi anser att utredningen övertolkar EUs ramdirektiv.
"Svensk Energi anser att det inte är klarlagt att Sveriges åtaganden kopplat till EUs ramdirektiv för vatten (RDV) kräver drastiska förändringar i regelverket för att Sverige ska kunna leva upp till direktivets miljömål och undvika sank-tioner från EU. Det ställs i EU-rätten inget krav på att en ny och fullständig tillståndsprövning måste genomföras för att Sverige ska leva upp till sina åtaganden."