Bolaget ingick under 2012 avtal med två olika städservicebolag om bland annat städning av tågvagnar. Avtalens värde uppgick till 56 respektive 60 miljoner kronor och föregicks inte av någon annonsering.
 
Detta har väckt reaktioner på Konkurrensverket som anser att helstatliga SJ är en upphandlande myndighet som ska följa upphandlingsreglerna. Konkurrensverket har därför vänt sig till förvaltningsrätten i Stockholm och begär att SJ döms att betala totalt 8,5 miljoner kronor i böter.
 
Enligt Konkurrensverket anser SJ själva att de inte behöver följa reglerna.